Como todas las ciudades, Guanajuato tiene su santo patrono que se le festeja cada 24 de junio, esta celebración se lleva a cabo en la Presa de la Olla, la cual lleva el mismo nombre Fiestas de San Juan y Presa de la Olla.

Pese a esto, no existe un lugar que rinda culto a San Juan Bautista, a quien los guanajuatenses piden que llueva en abundancia en la ciudad y los aleje de las sequías.

Allá por el siglo XVII, existió en la Capital del Estado un templo que se erigió en honor al santo patrono de Guanajuato, el templo que ahora es conocido como de San Francisco, también estaba hecho en su honor, pero a finales del siglo XVIII sufrió un cambio de nombre al ser ocupado por los monjes franciscanos.

Este primer templo era conocido por los guanajuatenses como de San Juan de Rayas y fue construido gracias a los generosos apoyos de don Vicente Manuel de Sardaneta y Legaspi, el que era propietario de la mina de Rayas. Esto gracias a las enormes riquezas en oro y plata que extraían de ese lugar.

Durante la época del auge minero, a finales del siglo XVIII el templo de San Juan de Rayas vivió máximo esplendor pues era una maravillosa capilla estilo barroco en su interior y exterior.

A principio del siglo XIX, los presbíteros José N. Pacheco y Marcelino Mangas construyeron junto a ese edificio clerical una Casa de Ejercicios Espirituales, destinada para el uso de los habitantes de la comunidad de Rayas asentada en los alrededores de la mina.

Ya en la mitad del mismo siglo, llegó la pobreza en toda la ciudad de Guanajuato, dejando sin trabajo a cientos de mineros que vivían únicamente de este oficio.

Esto ocasionó que a principio del siglo XX, el templo de San Juan de Rayas quedara en completo abandono y esto ocasionó el deterioro y saqueo de esta capilla por parte de los propios habitantes de la comunidad de Rayas, así como aunado a las fuertes explosiones subterráneas o barrenos utilizados en la explotación y la extracción de minerales de la Veta Madre provocaron casi su colapso total durante la década de los años 40 del siglo XX.

Para 1945, integrantes del Club Rotario de Guanajuato y autoridades municipales, decidieron rescatar los elementos más valiosos que aún quedaban en las ruinas del templo, desmontando la fachada principal, piedra por piedra y colocándola en el templo de Pardo, donde actualmente se encuentra.

Esta fachada es estilo barroco labrada en cantera con columnas adosadas a los muros, sobre la cual se observa un medallón donde se encuentra la figura de San Juan Bautista cubierto con una piel de animal bautizando a Cristo en el río Jordán.

De este templo solo quedó el cascarón, el cual fue demolido cuando se comenzó a construír la carretera panorámica, permaneciendo como mudos testigos de esa época dorada únicamente unos nichos de lo que fue el presbiterio. Han sobrevivido también unas cuantas ruinas de la capilla y de la Casa de Ejercicios Espirituales esparcidas a un lado de dicha vialidad en las cercanías de la explanada del tiro de la mina de Rayas, fue así que prácticamente desapareció por completo este primer templo dedicado a San Juan Bautista en la ciudad de Guanajuato.